diff --git a/.github/workflows/ci.yml b/.github/workflows/ci.yml
index 2b0c438..4a23162 100644
--- a/.github/workflows/ci.yml
+++ b/.github/workflows/ci.yml
@@ -70,10 +70,13 @@ jobs:
       # rc tag 以 --pre-release 打包：VS Code 要求「预发布 VSIX」在打包时即标记，
       # 否则 publish job 的 `vsce publish --pre-release` 会报「未以 pre-release 打包」而失败。
       # 与 publish 步骤同款 PRE_FLAG 判定，保证同一枚 VSIX 贯穿 GitHub Release 与 Marketplace。
+      # vsce 经 `pnpm exec` 取项目锁定版本（devDependencies 已含 @vscode/vsce）：
+      # pnpm 12 起 dlx 临时环境对未审批构建脚本（@vscode/vsce-sign/keytar）由警告升级为硬失败，
+      # 而项目自身的 allowBuilds 审批仅作用于项目安装。
       - name: 打包 vsix（rc tag 自动带 --pre-release）
         run: |
           PRE_FLAG=$([[ "${GITHUB_REF_NAME}" == *rc* ]] && echo "--pre-release" || echo "")
-          pnpm dlx @vscode/vsce package --no-yarn $PRE_FLAG
+          pnpm exec vsce package --no-yarn $PRE_FLAG
       - uses: actions/upload-artifact@v7
         with:
           name: vsix
@@ -123,10 +126,11 @@ jobs:
           name: vsix
       # VS Code Marketplace 发布：由仓库变量 ENABLE_MARKETPLACE_PUBLISH 门控（=true 时发布）。
       # 需配置 VSCE_PAT（Azure DevOps PAT，scope: Marketplace → Manage）；rc tag 自动以 --pre-release 发预发布通道。
+      # 与 package job 同款 `pnpm exec vsce`（项目锁定版本，规避 pnpm 12 dlx 对未审批构建脚本的硬失败）。
       - name: 发布到 VS Code Marketplace
         if: ${{ vars.ENABLE_MARKETPLACE_PUBLISH == 'true' }}
         run: |
           PRE_FLAG=$([[ "${GITHUB_REF_NAME}" == *rc* ]] && echo "--pre-release" || echo "")
-          pnpm dlx @vscode/vsce publish --packagePath *.vsix $PRE_FLAG
+          pnpm exec vsce publish --packagePath *.vsix $PRE_FLAG
         env:
           VSCE_PAT: ${{ secrets.VSCE_PAT }}
diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md
index 9b13043..21f3b8d 100644
--- a/CHANGELOG.md
+++ b/CHANGELOG.md
@@ -6,20 +6,34 @@
 
 ## [Unreleased]
 
+## [0.0.16] - 2026-09-01 — 多根工作区仓库切换 · 分支分组树 · Agentic Git 预置 · 面板布局与 Diff 修复
+
+自 v0.0.14 以来的全量积累（承载 0.0.15 版本号预置——该版本号已就位但未单独发布，本版一并发布）。核心新特性：多根工作区多仓库切换、Branches 按 `/` 前缀分组树、Agentic Git 偏好配置与 Claude Code 配置预置（M5 前置铺垫）、Diff 缺失端修复与面板默认布局调整；工程侧升级 pnpm 12 与一批开发依赖。完整用户视角叙述见 [Release Note v0.0.16](./docs/releases/v0.0.16.md)。
+
 ### Added
 
-- **多根工作区仓库切换（issue #107）**：多根工作区含多个 Git 仓库时，Graph 工具栏仓库名升级为**可切换按钮**（对标 Git Graph；单仓库退化为纯文本，多数用户零感知），Command Palette 亦可经 `Hyper Git: Select Repository…` 直达。切换**全局活跃仓库**——Graph / Branches / Commit（changelist）/ Stash / Shelf / Worktrees / 未提交角标七视图级联跟随，活跃仓库持久化于 `workspaceState`（`hyperGit.activeRepoRoot`，重开窗口回到上次操作的仓库）。**按仓库隔离记忆**：changelist 分配 / 分支收藏 / 分支分组偏好（`setRepoRoot` 重绑 + context key 同步）、Shelf 存储（`shelves/<basename>.<sha1[:8]>/` 随活跃仓库动态求值，旧平铺数据一次性安全迁移：仅 rename、零删除零覆盖）、最近提交消息（per-repo key，旧全局 key 回落一次）、Graph/Commit webview 视图状态（scope/选中/勾选集等 v2 `byRepo` 分区）。选取逻辑下沉纯函数 [`engine/git-state/repo-selection.ts`](./src/engine/git-state/repo-selection.ts)（持久化恢复 → folder0 匹配 → 首个仓库三级优先），**三重顺序不变量**保证 rebind 先于视图刷新；Blame 注解切库自清理；顺带修复激活竞态（repo 发现晚于 activate 时 memento key 落占位根）。集成测试新增 multi-root 双仓库 fixture 套件（`tests/suite/multi-root.test.js`，`activate()` 导出 `{ service }` 程序化接缝）。完整叙述见 [多根工作区仓库切换](./docs/features/multi-root-repo-selection.md)。
+- **多根工作区仓库切换（issue #107）**：多根工作区含多个 Git 仓库时，Graph 工具栏仓库名升级为**可切换按钮**（对标 Git Graph；单仓库退化为纯文本，多数用户零感知），Command Palette 亦可经 `Hyper Git: Select Repository…` 直达。切换**全局活跃仓库**——Graph / Branches / Commit（changelist）/ Stash / Shelf / Worktrees / 未提交角标七视图级联跟随，活跃仓库持久化于 `workspaceState`（`hyperGit.activeRepoRoot`，重开窗口回到上次操作的仓库）。**按仓库隔离记忆**：changelist 分配 / 分支收藏 / 分支分组偏好（`setRepoRoot` 重绑 + context key 同步）、Shelf 存储（`shelves/<basename>.<sha1[:8]>/` 随活跃仓库动态求值，旧平铺数据一次性安全迁移：仅 rename、零删除零覆盖）、最近提交消息（per-repo key，旧全局 key 回落一次）、Graph/Commit webview 视图状态（scope/选中/勾选集等 v2 `byRepo` 分区）。选取逻辑下沉纯函数 [`engine/git-state/repo-selection.ts`](./src/engine/git-state/repo-selection.ts)（持久化恢复 → folder0 匹配 → 首个仓库三级优先），**三重顺序不变量**保证 rebind 先于视图刷新；Blame 注解切库自清理；顺带修复激活竞态（repo 发现晚于 activate 时 memento key 落占位根）。集成测试新增 multi-root 双仓库 fixture 套件（`tests/suite/multi-root.test.js`，`activate()` 导出 `{ service }` 程序化接缝）。完整叙述见 [多根工作区仓库切换](./docs/features/multi-root-repo-selection.md)。(#108)
+- **Agentic Git 偏好配置（Agentic Git 预置）**：新增 `hyperGit.agent.*` 四项配置为 M5 [AI 接缝](./docs/research/05-ai-agent-seams.md) 铺路——① `hyperGit.agent.baseBranch`（创建 PR 的基线分支，留空=仓库默认分支）；②③④ `commitPreferences` / `createPrPreferences` / `reviewPreferences`（分别为点击 **Commit / Create PR / Review** 时发送给 agent 的自定义指令，均以 `editPresentation: "multilineText"` 多行文本域承载、**内置默认模板**）。其中 **Commit 模板由中文提交规约译为专业英文**（规约规定提交信息用中文，故示例与签名块原样保留）；Create PR / Review 模板**逐字内置**（含 `${TARGET_BRANCH}` / `#{pr_number}` 等占位符）。采用**原生设置**承载（零新增 Webview / 命令 / TS / 测试），默认值内联于 [`package.json`](./package.json)。**仅落地配置与内置默认**，`agent/` 五接缝与 `hyperGit.ai.enabled` 行为不变、零破坏。README 指标行同步 `7 → 11 配置项`。完整叙述见 [Agentic Git 偏好配置](./docs/features/agentic-git-preferences.md)。(#89)
+- **Claude Code 配置（Agentic Git 预置）**：新增两项与 Claude Code 相关的配置为 M5 [AI 接缝](./docs/research/05-ai-agent-seams.md) 铺路——① 设置项 `hyperGit.claudeCode.executablePath`（Claude Code CLI 可执行路径，**留空=从 `PATH` 自动探测 `claude`**；描述内嵌 `command:` 链接就地提供「浏览 / 打开 Claude 设置」）；② 命令 `hyperGit.setClaudeCodePath`（QuickPick：Browse 文件选择器写回 / **Use system Claude Code** 清空覆盖）与 `hyperGit.openClaudeSettings`（打开 `~/.claude/settings.json`，缺失时经确认创建 `{}`）。采用**原生设置 + 命令**承载（零新增 Webview 面板），路径解析下沉纯函数 [`engine/agent/claude-path.ts`](./src/engine/agent/claude-path.ts)（Vitest 可测），命令实现见 [`adapter/claude-commands.ts`](./src/adapter/claude-commands.ts)。**仅落地配置与快捷入口**，`agent/` 五接缝与 `hyperGit.ai.enabled` 行为不变、零破坏。同步校正 README 指标行（`6 视图 · 101 命令 · 7 配置项 · 372 单元测试`，此前 `97 命令 / 324 测试` 已滞后 HEAD）。完整叙述见 [Claude Code 配置](./docs/features/claude-code-config.md)。(#88)
+- **Branches 视图按 `/` 前缀分组为文件夹树**：Local / Remote / Tags 三段支持在**平铺**与**按 `/` 前缀分组的可折叠文件夹树**间切换——共享前缀的分支收拢到以前缀命名的文件夹下、叶子仅显示末段后缀（如 `bak/2025`、`bak/master-2025-07` → 📁`bak` → `2025` / `master-2025-07`；远程整体收拢为 `origin` 文件夹并内嵌 `feature`）。新增纯逻辑引擎 [`buildRefTree`](./src/engine/ref/ref-tree.ts)（复用「变更文件目录树」`buildFileTree` 的 trie 构建 + compact 折叠范式；叶子携完整 `RawRef`、命令定位不受影响；分支感知排序：当前 HEAD → 收藏 → 同档文件夹优先、名称数字感知升序），并**隐藏 `origin/HEAD` 符号引用**（对齐主流 Git UI，消除 `origin` 叶子与 `origin` 文件夹同名冲突）。工具栏提供「平铺 ⇄ 树」切换（`hyperGit.branchesGroupByPrefix` / `hyperGit.branchesFlatten`，context key 驱动按钮互斥），偏好按仓库持久化于 `workspaceState`（默认树形），文件夹默认展开、展开态跨刷新稳定。文件夹节点用独立 `contextValue` 且不登记任何右键命令，checkout / delete / rename / merge / rebase / compare / favorite 与多选批量均零改动、零破坏。完整叙述见 [分支前缀分组树](./docs/features/branch-tree-group-by-prefix.md)。(#86)
 
 ### Changed
 
 - **`@vscode/test-electron` 升级 3.0.0 → 3.1.0**：VS Code 1.110 起将 macOS 主二进制 `Electron` 更名为 `Code`（兼容符号链接于 2026-07 移除，microsoft/vscode#326502），3.0.0 启动 1.110+ 版本即 `spawn .../MacOS/Electron ENOENT` 崩溃；3.1.0 按 `Info.plist → CFBundleExecutable` 三级解析修复（microsoft/vscode-test#348）。此前 dependabot [PR #102](https://github.com/ThreeFish-AI/hyper-git/pull/102) 因 supply-chain 发布冷静期被 CI 拦截，现窗口已过正式合入。
-- **面板视图默认布局调整（显隐与顺序）**：`package.json` `contributes.views` 声明式微调六视图默认态——**Stash / Shelf** 由 `collapsed` 改为 `visibility:"hidden"`（VS Code schema 中 `hidden` 映射 `hideByDefault`：默认不出现在容器内，仍可经视图标题右键菜单勾选恢复）；**Commit / Worktrees** 由 `visible` 改为 `collapsed`（显示但默认折叠、点击标题即展开）；**Branches / Graph** 保持 `visible`；容器内声明顺序调整为 **Commit · Branches · Graph · Worktrees**（Stash · Shelf 隐藏排其后）。`initialSize` 权重不变，`src/` 零改动，命令 / 协议 / 菜单 / `viewsWelcome` / 交互零破坏。新增 [`tests/unit/views-layout.test.ts`](./tests/unit/views-layout.test.ts) 声明式护栏锁定顺序与各视图 `visibility`。**平台约束**：`visibility` 仅影响全新安装 / 干净 profile 的初始态——老用户升级后需命令面板「View: Reset View Locations」或右键容器页签「Reset Location」方采用新默认（同 [issue #12](./docs/.agents/issue.md) / [#13](./docs/.agents/issue.md) 平台行为）。决策详见 [issue #16](./docs/.agents/issue.md)。
+- **面板视图默认布局调整（显隐与顺序）**：`package.json` `contributes.views` 声明式微调六视图默认态——**Stash / Shelf** 由 `collapsed` 改为 `visibility:"hidden"`（VS Code schema 中 `hidden` 映射 `hideByDefault`：默认不出现在容器内，仍可经视图标题右键菜单勾选恢复）；**Commit / Worktrees** 由 `visible` 改为 `collapsed`（显示但默认折叠、点击标题即展开）；**Branches / Graph** 保持 `visible`；容器内声明顺序调整为 **Commit · Branches · Graph · Worktrees**（Stash · Shelf 隐藏排其后）。`initialSize` 权重不变，`src/` 零改动，命令 / 协议 / 菜单 / `viewsWelcome` / 交互零破坏。新增 [`tests/unit/views-layout.test.ts`](./tests/unit/views-layout.test.ts) 声明式护栏锁定顺序与各视图 `visibility`。**平台约束**：`visibility` 仅影响全新安装 / 干净 profile 的初始态——老用户升级后需命令面板「View: Reset View Locations」或右键容器页签「Reset Location」方采用新默认（同 [issue #12](./docs/.agents/issue.md) / [#13](./docs/.agents/issue.md) 平台行为）。决策详见 [issue #16](./docs/.agents/issue.md)。(#101)
+
+### Fixed
+
+- **新增 / 删除 / 重命名文件的差异视图可正常打开**：缺失端（新增文件无旧端、删除文件无新端）改用 git 空树 ref 构造 URI，跨 VS Code 版本稳定解析为空内容，修复新版 `readFile` 对不存在具名 ref 抛 `FileNotFound` 致 Commit / Graph 视图差异打不开的问题。按状态正交分解：新增空树置旧端、删除空树置新端、重命名两端异路径；补齐 Graph 视图逐文件 `status` / `oldPath` 传参与干净路径，修复重命名点击崩溃；新增分类器与端点解析的单元 / 集成测试，并记录 [issue #15](./docs/.agents/issue.md)。(#87)
 
-### Added（既有未发布条目）
+### Build
+
+- **pnpm 升级 11.9.0 → 12.2.1**：pnpm 12 为 Rust 重写版，命令 / flags / 配置 / 锁文件格式全部延续 pnpm 11（`allowBuilds` 与 `node-linker=hoisted` 沿用），CI 经 `pnpm/action-setup@v6` 从 `packageManager` 字段自动跟随；`pnpm-lock.yaml` 顶部新增 `packageManagerDependencies` 文档块，依赖解析零变化。
+- **开发依赖批量升级**（dependabot）：prettier 3.9.5 → 3.9.6（#104）、@types/node 26.1.1 → 26.4.0（#112）、eslint 10.7.0 → 10.9.1（#111）、vite 8.1.5 → 8.2.2（#110）、vitest 4.1.9 → 4.1.10（#94）、typescript-eslint 8.64.0 → 8.68.0（#109）、actions/setup-node v6 → v7（#96）；dependabot 忽略 typescript major 升级——TS7 工具链未适配，待 7.1 后人工重启（#100）。
+
+### Docs
 
-- **Agentic Git 偏好配置（Agentic Git 预置）**：新增 `hyperGit.agent.*` 四项配置为 M5 [AI 接缝](./docs/research/05-ai-agent-seams.md) 铺路——① `hyperGit.agent.baseBranch`（创建 PR 的基线分支，留空=仓库默认分支）；②③④ `commitPreferences` / `createPrPreferences` / `reviewPreferences`（分别为点击 **Commit / Create PR / Review** 时发送给 agent 的自定义指令，均以 `editPresentation: "multilineText"` 多行文本域承载、**内置默认模板**）。其中 **Commit 模板由中文提交规约译为专业英文**（规约规定提交信息用中文，故示例与签名块原样保留）；Create PR / Review 模板**逐字内置**（含 `${TARGET_BRANCH}` / `#{pr_number}` 等占位符）。采用**原生设置**承载（零新增 Webview / 命令 / TS / 测试），默认值内联于 [`package.json`](./package.json)。**仅落地配置与内置默认**，`agent/` 五接缝与 `hyperGit.ai.enabled` 行为不变、零破坏。README 指标行同步 `7 → 11 配置项`。完整叙述见 [Agentic Git 偏好配置](./docs/features/agentic-git-preferences.md)。
-- **Claude Code 配置（Agentic Git 预置）**：新增两项与 Claude Code 相关的配置为 M5 [AI 接缝](./docs/research/05-ai-agent-seams.md) 铺路——① 设置项 `hyperGit.claudeCode.executablePath`（Claude Code CLI 可执行路径，**留空=从 `PATH` 自动探测 `claude`**；描述内嵌 `command:` 链接就地提供「浏览 / 打开 Claude 设置」）；② 命令 `hyperGit.setClaudeCodePath`（QuickPick：Browse 文件选择器写回 / **Use system Claude Code** 清空覆盖）与 `hyperGit.openClaudeSettings`（打开 `~/.claude/settings.json`，缺失时经确认创建 `{}`）。采用**原生设置 + 命令**承载（零新增 Webview 面板），路径解析下沉纯函数 [`engine/agent/claude-path.ts`](./src/engine/agent/claude-path.ts)（Vitest 可测），命令实现见 [`adapter/claude-commands.ts`](./src/adapter/claude-commands.ts)。**仅落地配置与快捷入口**，`agent/` 五接缝与 `hyperGit.ai.enabled` 行为不变、零破坏。同步校正 README 指标行（`6 视图 · 101 命令 · 7 配置项 · 372 单元测试`，此前 `97 命令 / 324 测试` 已滞后 HEAD）。完整叙述见 [Claude Code 配置](./docs/features/claude-code-config.md)。
-- **Branches 视图按 `/` 前缀分组为文件夹树**：Local / Remote / Tags 三段支持在**平铺**与**按 `/` 前缀分组的可折叠文件夹树**间切换——共享前缀的分支收拢到以前缀命名的文件夹下、叶子仅显示末段后缀（如 `bak/2025`、`bak/master-2025-07` → 📁`bak` → `2025` / `master-2025-07`；远程整体收拢为 `origin` 文件夹并内嵌 `feature`）。新增纯逻辑引擎 [`buildRefTree`](./src/engine/ref/ref-tree.ts)（复用「变更文件目录树」`buildFileTree` 的 trie 构建 + compact 折叠范式；叶子携完整 `RawRef`、命令定位不受影响；分支感知排序：当前 HEAD → 收藏 → 同档文件夹优先、名称数字感知升序），并**隐藏 `origin/HEAD` 符号引用**（对齐主流 Git UI，消除 `origin` 叶子与 `origin` 文件夹同名冲突）。工具栏提供「平铺 ⇄ 树」切换（`hyperGit.branchesGroupByPrefix` / `hyperGit.branchesFlatten`，context key 驱动按钮互斥），偏好按仓库持久化于 `workspaceState`（默认树形），文件夹默认展开、展开态跨刷新稳定。文件夹节点用独立 `contextValue` 且不登记任何右键命令，checkout / delete / rename / merge / rebase / compare / favorite 与多选批量均零改动、零破坏。完整叙述见 [分支前缀分组树](./docs/features/branch-tree-group-by-prefix.md)。
+- **README 中英文版新增 Overview 概览图**：Features / 核心能力章节引入架构总览图，一图速览六视图与 Agentic Git 能力版图。
 
 ## [0.0.14] - 2026-07-06 — 修复 GRAPH 视图提交记录时间倒序
 
diff --git a/README.md b/README.md
index 95dbf61..ff9a1f7 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -82,15 +82,15 @@ pnpm run watch                # watch build (press F5 to launch the Extension Ho
 pnpm run test:unit            # unit tests (pure engine logic, Vitest, 403 cases)
 pnpm run test:integration     # integration tests (@vscode/test-electron)
 pnpm run package              # production build
-pnpm dlx @vscode/vsce package # package the .vsix
+pnpm exec vsce package        # package the .vsix
 ```
 
-Packaging and publishing with vsce (`@vscode/vsce`):
+Packaging and publishing with vsce (`@vscode/vsce` is a devDependency; `pnpm exec` uses the locked project version — pnpm 12's `dlx` hard-fails on its unapproved native build scripts):
 
 ```bash
-pnpm dlx @vscode/vsce package
+pnpm exec vsce package
 # hyper-git-agentic-git-x.x.x.vsix generated
-pnpm dlx @vscode/vsce publish
+pnpm exec vsce publish
 # ThreeFish-AI.hyper-git-agentic-git-x.x.x published to VS Code Marketplace
 ```
 
diff --git a/docs/.agents/knowledge-map.md b/docs/.agents/knowledge-map.md
index 035f4d4..4763135 100644
--- a/docs/.agents/knowledge-map.md
+++ b/docs/.agents/knowledge-map.md
@@ -29,7 +29,7 @@
 - [工程实施方案](../docs/architecture/engineering-plan.md) — 路径 B 架构 + M0-M5 里程碑（**开发蓝图**）。
 - [Git 功能矩阵](../docs/requirements/idea-feature-matrix.md) — 56 功能点 / 8 组（**验收基线**，参考 IDEA 等成熟实现）。
 - [调研报告](../docs/research/README.md) — SCM 集成 / 工程蓝图 / 发布 CI / AI 接缝四路循证报告。
-- [发布说明](../releases/README.md) — 各正式版 Release Notes（GitHub Release 正文单一事实源；最新 [v0.0.14](../releases/v0.0.14.md)）。
+- [发布说明](../releases/README.md) — 各正式版 Release Notes（GitHub Release 正文单一事实源；最新 [v0.0.16](../releases/v0.0.16.md)）。
 
 ## 架构分层（src/）
 > 依赖方向单向：`UI → Adapter → Engine`；`Agent` 以接口注入 `Engine`/`CommitPipeline`，不反向依赖 UI。
diff --git a/docs/README.md b/docs/README.md
index 412cd87..d3cf858 100644
--- a/docs/README.md
+++ b/docs/README.md
@@ -13,7 +13,7 @@
 - [Agentic Git 偏好配置](./features/agentic-git-preferences.md) — Agentic Git 预置：Base Branch + Commit / Create PR / Review 三项 agent 指令偏好（多行文本域 + 内置默认模板；M5 前置铺垫）。
 
 ## 发布说明
-- [Release Notes 目录](./releases/README.md) — 各正式版发布说明（GitHub Release 正文单一事实源）；最新：[v0.0.14 修复 GRAPH 视图提交记录时间倒序](./releases/v0.0.14.md)。
+- [Release Notes 目录](./releases/README.md) — 各正式版发布说明（GitHub Release 正文单一事实源）；最新：[v0.0.16 多根工作区仓库切换 · 分支分组树 · Agentic Git 预置](./releases/v0.0.16.md)。
 
 ## 调研报告（循证依据）
 - [02 · VS Code SCM API 与 vscode.git 集成路径](./research/02-vscode-scm-integration.md) — 路径 B 决策依据、SCM 稳定/proposed API 边界、changelist 模型映射。
diff --git a/docs/i18n/zh-CN/README.md b/docs/i18n/zh-CN/README.md
index b9c00c1..e59576c 100644
--- a/docs/i18n/zh-CN/README.md
+++ b/docs/i18n/zh-CN/README.md
@@ -82,15 +82,15 @@ pnpm run watch                # 监听构建（F5 启动 Extension Host 调试
 pnpm run test:unit            # 单元测试（engine 纯逻辑，Vitest，403 例）
 pnpm run test:integration     # 集成测试（@vscode/test-electron）
 pnpm run package              # 生产构建
-pnpm dlx @vscode/vsce package # 打包 .vsix
+pnpm exec vsce package        # 打包 .vsix
 ```
 
-使用 vsce（`@vscode/vsce`）打包与发布：
+使用 vsce（`@vscode/vsce` 已列为 devDependency；`pnpm exec` 使用项目锁定版本——pnpm 12 起 `dlx` 临时环境对其未审批的原生构建脚本会硬失败）打包与发布：
 
 ```bash
-pnpm dlx @vscode/vsce package
+pnpm exec vsce package
 # 生成 hyper-git-agentic-git-x.x.x.vsix
-pnpm dlx @vscode/vsce publish
+pnpm exec vsce publish
 # ThreeFish-AI.hyper-git-agentic-git-x.x.x published to VS Code Marketplace
 ```
 
diff --git a/docs/releases/README.md b/docs/releases/README.md
index fb400fe..2baf36a 100644
--- a/docs/releases/README.md
+++ b/docs/releases/README.md
@@ -8,6 +8,7 @@
 
 | 版本 | 说明 | 日期 |
 |---|---|---|
+| [v0.0.16](./v0.0.16.md) | 多根工作区仓库切换 · 分支前缀分组树 · Agentic Git 预置 · Diff 修复与面板布局优化 | 2026-09-01 |
 | [v0.0.14](./v0.0.14.md) | 修复 GRAPH 视图提交记录时间倒序（`--topo-order` → `--author-date-order`） | 2026-07-06 |
 | [v0.0.13](./v0.0.13.md) | 视图容器由活动栏迁移至底部 Panel（Terminal 之后） | 2026-07-05 |
 | [v0.0.12](./v0.0.12.md) | 提交详情光标跟随悬浮卡 · Tooltip 交互修复 · 侧边栏布局优化 · 依赖升级基线（TS6 / vitest4 / vite8） | 2026-07-04 |
diff --git a/docs/releases/v0.0.16.md b/docs/releases/v0.0.16.md
new file mode 100644
index 0000000..d60608b
--- /dev/null
+++ b/docs/releases/v0.0.16.md
@@ -0,0 +1,70 @@
+# Hyper Git - Agentic Git v0.0.16 — 多根工作区仓库切换 · 分支分组树 · Agentic Git 预置
+
+> 本版是自 v0.0.14 以来的全量积累（0.0.15 版本号已就位但未单独发布，本版一并发布）。四大新特性：**多根工作区多仓库切换**、**Branches 按前缀分组树**、**Agentic Git 偏好配置与 Claude Code 配置预置**（M5 前置铺垫），并修复新增 / 删除 / 重命名文件打不开差异的问题、优化面板默认布局。
+
+---
+
+## ✨ 亮点速览
+
+- **多根工作区多仓库切换**：Graph 工具栏仓库名成为**可切换按钮**，一键在多根工作区的多个仓库间切换全局活跃仓库——Graph / Branches / Commit / Stash / Shelf / Worktrees / 未提交角标**七视图级联跟随**，且 changelist、分支收藏、Shelf、最近提交消息、视图状态全部**按仓库隔离记忆**，重开窗口回到上次操作的仓库。
+- **Branches 按前缀分组为文件夹树**：Local / Remote / Tags 三段支持「平铺 ⇄ 树」切换，共享前缀的分支收拢为可折叠文件夹（如 `feature/1.x.x`、`feature/2.x.x` → 📁`feature`），远程整体收拢为 `origin` 文件夹；默认树形、偏好按仓库记忆。
+- **Agentic Git 预置（M5 前置铺垫）**：新增 `hyperGit.agent.*` 四项偏好（PR 基线分支 + Commit / Create PR / Review 三项 agent 指令模板）与 `hyperGit.claudeCode.executablePath` 设置（留空自动探测 `claude`）+ 「浏览 / 打开 Claude 设置」快捷入口。
+- **Diff 修复**：新增 / 删除 / 重命名文件在 Commit 与 Graph 视图可正常打开差异（空树 ref 构造 URI），修复重命名点击崩溃。
+- **面板布局优化**：Commit / Branches / Graph / Worktrees 依序默认呈现（前两者折叠），Stash / Shelf 默认隐藏（可经视图右键菜单恢复）。
+
+---
+
+## 🧩 特性详述
+
+### 1. 多根工作区仓库切换（#108 / issue #107）
+
+此前在含多个 Git 仓库的多根工作区中，Hyper Git 只能操作单一仓库。本版将 Graph 工具栏仓库名升级为**可切换按钮**（对标 Git Graph；单仓库退化为纯文本，多数用户零感知），Command Palette 亦可经 `Hyper Git: Select Repository…` 直达。
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+- **七视图级联**：切换后 Graph / Branches / Commit（changelist）/ Stash / Shelf / Worktrees / 未提交角标全部跟随新活跃仓库刷新；
+- **按仓库隔离记忆**：changelist 分配、分支收藏、分组偏好、Shelf 存储（旧平铺数据一次性安全迁移：仅 rename、零删除零覆盖）、最近提交消息、Graph / Commit 视图状态（scope / 选中 / 勾选集）均按仓库分区；
+- **持久化**：活跃仓库记于 `workspaceState`，重开窗口回到上次操作的仓库。
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+### 2. Branches 按前缀分组树（#86）
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+Local / Remote / Tags 三段支持在**平铺**与**按 `/` 前缀分组的可折叠文件夹树**间切换（工具栏按钮，偏好按仓库持久化、默认树形）。共享前缀的分支收拢到以前缀命名的文件夹下、叶子仅显示末段后缀；远程整体收拢为 `origin` 文件夹。排序分支感知：当前 HEAD → 收藏 → 同档文件夹优先、名称数字感知升序；并**隐藏 `origin/HEAD` 符号引用**（对齐主流 Git UI）。checkout / delete / rename / merge / rebase / compare / favorite 等右键操作全部不受影响。
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+### 3. Agentic Git 预置（#88 / #89，M5 前置铺垫）
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+- **偏好配置**：`hyperGit.agent.baseBranch`（创建 PR 的基线分支，留空=仓库默认分支）+ `commitPreferences` / `createPrPreferences` / `reviewPreferences`（点击 **Commit / Create PR / Review** 时发送给 agent 的自定义指令，多行文本域、内置默认模板）；
+- **Claude Code 配置**：`hyperGit.claudeCode.executablePath`（留空=从 `PATH` 自动探测 `claude`）+ 命令 `Set Claude Code Executable Path…`（QuickPick 浏览写回）与 `Open Claude Settings`（打开 `~/.claude/settings.json`，缺失时经确认创建）。
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+以上为配置层预置，`agent/` 接缝与 `hyperGit.ai.enabled` 行为不变、零破坏。
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+### 4. Diff 缺失端修复（#87 / issue #15）
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+新增文件（无旧端）、删除文件（无新端）此前在新版 VS Code 上打不开差异（`readFile` 对不存在具名 ref 抛 `FileNotFound`）。本版改用 git **空树 ref** 构造 URI，跨 VS Code 版本稳定解析为空内容；重命名文件两端异路径正确呈现；同时修复 Graph 视图点击重命名文件崩溃的问题。
+
+### 5. 面板默认布局调整（#101 / issue #16）
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+六视图默认态微调：**Stash / Shelf** 默认隐藏（经视图标题右键菜单勾选恢复）、**Commit / Worktrees** 默认折叠、**Branches / Graph** 默认展开，顺序调整为 Commit · Branches · Graph · Worktrees。
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+---
+
+## ⚙️ 升级与兼容
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+- **无破坏性变更**：全部特性均为增量新增或纯修复，未移除任何命令 / 配置 / 视图。
+- **布局默认仅影响新安装 / 干净 profile**：VS Code 会记忆旧布局——老用户升级后如需采用新默认，请执行命令面板「View: Reset View Locations」或右键 Hyper Git 容器页签「Reset Location」（平台行为，同 [issue #12](../.agents/issue.md)）。
+- **多仓库数据迁移安全**：Shelf 旧平铺数据迁移仅 rename，零删除零覆盖。
+- **开发者**：包管理器升级 pnpm 11.9.0 → **12.2.1**（Rust 重写版，命令 / 配置 / 锁文件格式兼容 pnpm 11）；CI 自动跟随，克隆后 `pnpm install` 即可。
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+---
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+## 📦 安装
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+- **VS Code Marketplace**：搜索 `Hyper Git - Agentic Git` 直接安装或更新。
+- **手动**：从 [Releases](https://github.com/ThreeFish-AI/hyper-git/releases/tag/v0.0.16) 下载 `hyper-git-agentic-git-0.0.16.vsix` → 命令面板 `Extensions: Install from VSIX`（Cursor / Windsurf / VSCodium 等用户可经此方式安装）。
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+**系统要求**：VS Code ≥ 1.85.0，且启用内置 Git 扩展（`vscode.git`，默认随附）。仅支持本地 git 仓库，不支持虚拟 / Web 工作区。
+
+---
+
+## 💬 反馈
+
+欢迎在 [GitHub Issues](https://github.com/ThreeFish-AI/hyper-git/issues) 反馈问题与建议。完整工程视角变更记录见 [CHANGELOG](../../CHANGELOG.md)。
+
+许可证：[MIT](https://github.com/ThreeFish-AI/hyper-git/blob/master/LICENSE)。
diff --git a/package.json b/package.json
index 7cfbc88..a92adef 100644
--- a/package.json
+++ b/package.json
@@ -7,12 +7,12 @@
 		"theme": "dark"
 	},
 	"description": "Hyper Git brings IntelliJ IDEA's powerful Git & Commit modules to VS Code, enhanced with AI-powered autonomous agents for intelligent repository management. Experience Git in a higher dimension.",
-	"version": "0.0.15",
+	"version": "0.0.16",
 	"publisher": "ThreeFish-AI",
 	"license": "MIT",
 	"preview": true,
 	"private": true,
-	"packageManager": "pnpm@11.9.0",
+	"packageManager": "pnpm@12.2.1",
 	"repository": {
 		"type": "git",
 		"url": "https://github.com/ThreeFish-AI/hyper-git.git"
diff --git a/pnpm-lock.yaml b/pnpm-lock.yaml
index 442e565..0beeb75 100644
--- a/pnpm-lock.yaml
+++ b/pnpm-lock.yaml
@@ -1,3 +1,104 @@
+---
+lockfileVersion: '9.0'
+
+importers:
+
+  .:
+    configDependencies: {}
+    packageManagerDependencies:
+      pnpm:
+        specifier: 12.2.1
+        version: 12.2.1
+
+packages:
+
+  '@pnpm/exe.darwin-arm64@12.2.1':
+    resolution: {integrity: sha512-efC1yfz2xbyHiMLrQAYtnoo5XP20LeAiYYcyL1962qQagZrMXIB0BoQYeZoPTLggLh0Q4MD7jpZUInU5fWxCgQ==}
+    cpu: [arm64]
+    os: [darwin]
+
+  '@pnpm/exe.darwin-x64@12.2.1':
+    resolution: {integrity: sha512-0bloFmxrvYY5LYex5V6SZySwg+egBk0pOW+YUeOm9fiG2U1wv+qRVLBOUvIzLAeJE7vBlAzxUwXkQAYtr12n+Q==}
+    cpu: [x64]
+    os: [darwin]
+
+  '@pnpm/exe.linux-arm64-musl@12.2.1':
+    resolution: {integrity: sha512-AZl7apVZC4TV1/vTp/bS16XUsHeqx9AHsU4V55joiGR+iR6vl+WF0WlGvGCTjqjICS4q/kThpgNrtG8aqQ9seQ==}
+    cpu: [arm64]
+    os: [linux]
+    libc: [musl]
+
+  '@pnpm/exe.linux-arm64@12.2.1':
+    resolution: {integrity: sha512-S36+tMEGrPz3nwtfFU9kYxbHoi8sV7WJfMO9njEL4jRaShTNaLRERMAqyI2DUCiA5QCr6/a50lt4+pKCV2mCvw==}
+    cpu: [arm64]
+    os: [linux]
+    libc: [glibc]
+
+  '@pnpm/exe.linux-x64-musl@12.2.1':
+    resolution: {integrity: sha512-4MQClkAk1em55LFZJpeIqb7j+gEqCgX8yC42j9DFWL42q1uMX1e1tvTy2Dtd4NoWQqgdkLxOStZ+D9CYC+28ow==}
+    cpu: [x64]
+    os: [linux]
+    libc: [musl]
+
+  '@pnpm/exe.linux-x64@12.2.1':
+    resolution: {integrity: sha512-A/AlR71Leph7qgB3ThSU9yU/vLfre4HmP6nbt3/qt51fzAjQ0xuq7j+cw0f1yDskzOsGzmo5uD6ruefCwLK5uQ==}
+    cpu: [x64]
+    os: [linux]
+    libc: [glibc]
+
+  '@pnpm/exe.win32-arm64@12.2.1':
+    resolution: {integrity: sha512-TEGUmroT6NGfo2O2+tHK9Zr1lhP1zLzpwx+QAQV19l8V4ljUoMfz8Os5V9zzNCtIpzyKcK7SuG7fkVbxFgRMzg==}
+    cpu: [arm64]
+    os: [win32]
+
+  '@pnpm/exe.win32-x64@12.2.1':
+    resolution: {integrity: sha512-V2Q+AF8fCsw8/CC3bWF8kopOmH0aAjgk9m7H7uAQNulOYIJs9YJBiAlgByswmt+igV9axc4dBI//ZlK2NKpDcw==}
+    cpu: [x64]
+    os: [win32]
+
+  pnpm@12.2.1:
+    resolution: {integrity: sha512-9Vymiqy561q2nGb4KKmK+JoyKGcDrvH42hMcp+q01nfzS/qF4YZGepGcB5nfi29KokD33CkZszsycxkBBBYmFg==}
+    engines: {node: '>=18.*'}
+    hasBin: true
+
+snapshots:
+
+  '@pnpm/exe.darwin-arm64@12.2.1':
+    optional: true
+
+  '@pnpm/exe.darwin-x64@12.2.1':
+    optional: true
+
+  '@pnpm/exe.linux-arm64-musl@12.2.1':
+    optional: true
+
+  '@pnpm/exe.linux-arm64@12.2.1':
+    optional: true
+
+  '@pnpm/exe.linux-x64-musl@12.2.1':
+    optional: true
+
+  '@pnpm/exe.linux-x64@12.2.1':
+    optional: true
+
+  '@pnpm/exe.win32-arm64@12.2.1':
+    optional: true
+
+  '@pnpm/exe.win32-x64@12.2.1':
+    optional: true
+
+  pnpm@12.2.1:
+    optionalDependencies:
+      '@pnpm/exe.darwin-arm64': 12.2.1
+      '@pnpm/exe.darwin-x64': 12.2.1
+      '@pnpm/exe.linux-arm64': 12.2.1
+      '@pnpm/exe.linux-arm64-musl': 12.2.1
+      '@pnpm/exe.linux-x64': 12.2.1
+      '@pnpm/exe.linux-x64-musl': 12.2.1
+      '@pnpm/exe.win32-arm64': 12.2.1
+      '@pnpm/exe.win32-x64': 12.2.1
+
+---
 lockfileVersion: '9.0'
 
 settings: