-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Home
shijiashuai edited this page Mar 9, 2026
·
2 revisions
欢迎来到 bwa-rust 的开发 Wiki！
本 Wiki 用于记录 BWA-MEM 算法的 Rust 实现过程中的算法原理笔记、与原版 BWA 的行为差异、调试记录等内部文档。
bwa-rust 是 BWA-MEM 短读比对器的 Rust 从零实现，核心模块：
| 模块 | 路径 | 说明 |
|---|---|---|
| FM-Index | src/index/ |
后缀数组、BWT、Occ 表构建 |
| SMEM Seeding | src/align/ |
双向扩展的超大精确匹配 |
| Seed Chaining | src/align/ |
DP 打分链式策略 |
| Smith-Waterman | src/align/ |
Banded 局部比对 + 仿射 gap |
| I/O | src/io/ |
FASTA/FASTQ 解析、SAM 输出 |
| Pipeline | src/align/ |
Index -> Seed -> Chain -> Align 全流程 |
- Algorithm Notes — FM-Index / BWT / SMEM 等核心算法笔记
- BWA Compatibility — 与原版 BWA 的行为差异与兼容性记录
- Debug Log — 比对结果不一致时的调试经验
- Performance Notes — 基准测试与性能优化记录