Skip to content

Spp 003 nl#153

Open
karenwuyts wants to merge 106 commits intomainfrom
spp-003-nl
Open

Spp 003 nl#153
karenwuyts wants to merge 106 commits intomainfrom
spp-003-nl

Conversation

@karenwuyts
Copy link
Copy Markdown

@karenwuyts karenwuyts commented Mar 25, 2026

Description

This project-specific protocol describes the guidelines and steps for the manual installation of ground water wells in terrestrial and aquatic habitat types for monitoring of the ground water chemistry (nitrogen) for the Monitoring Programme for the Natural Environment (MNE; Meetnetten Natuurlijk Milieu, MNM). It makes use of protocol sfp_104_nl.

Related Issue

Task list

Steps by contributor:

  • Add description to this pull request (under "## Description")
  • Open the dropdown (triangle) near 'create pull request' and choose 'Create draft pull request'
  • Check for potential problems by running protocolhelper::check_frontmatter() and address them
  • Check for potential problems by running protocolhelper::check_structure() and address them
  • Add further commits if needed and push them to GitHub
  • Update the protocol-specific NEWS.Rmd
  • Mark the pull request as 'ready for review'

Review steps for the author(s):

  • Add reviewers, at least one subject-matter specialist and one administrator
  • Wait for review comments and address them
  • Iterate until reviewer approvals (merging the pull request will be done by an administrator)
  • Verify that the checks done by continuous integration succeeded. These will check if protocolhelper::check_frontmatter() and protocolhelper::check_structure() succeeded without errors.

To be done by an administrator after review: see guidelines for admins.

@ThierryO
Copy link
Copy Markdown
Member

@hansvancalster

  • the Docker issue is "package 'slickR' is not available"
  • you should remove the libs folder from the history and add it to the .gitignore

@hansvancalster
Copy link
Copy Markdown
Collaborator

the Docker issue is "package 'slickR' is not available"

That is strange. The slickR package is no longer used. I guess that docker is using an old image?

  • you should remove the libs folder from the history and add it to the .gitignore

@karenwuyts The "remove the libs folder from the history" is something we will need to fix together. The update of .gitignore is something I must do via a separate pull request.

@ThierryO
Copy link
Copy Markdown
Member

ThierryO commented Mar 25, 2026

the Docker issue is "package 'slickR' is not available"

That is strange. The slickR package is no longer used. I guess that docker is using an old image?

"slickR",

This is due to the out of date branch. I would suggest to rebase this branch to the current main branch. This is something that @hansvancalster should fix.

@karenwuyts karenwuyts marked this pull request as ready for review March 27, 2026 12:22
@karenwuyts karenwuyts requested a review from janneadolf April 2, 2026 08:08
@karenwuyts karenwuyts removed the request for review from mathiaswackenier April 23, 2026 09:54
Copy link
Copy Markdown

@janneadolf janneadolf left a comment

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Here my review of the current protocol version.
I hope my feedback proves useful, feel free to ignore it in case it is not.
Let me know if any of my comments are unclear, require further discussion, or if I misunderstood important parts of the protocol.

Dit protocol beschrijft het manueel plaatsen van een koppel ondiepe peilbuis en ondiepe piëzometer met automatische druksensor in een geschikte terrestrische en aquatische steekproefeenheid van het meetnet eutrofiëring via het grondwater (meetnet GW_03.3).
De installatie dient om de stikstoftoestand van het ondiepe freatische grondwater binnen grondwaterafhankelijke habitattypes op te volgen (met behulp va nitraat- en ammoniumconcentratie in het grondwater), maar ook om de verklarende variabelen (vb. stijghoogte, pH, geleidend vermogen) en variabelen voor kwaliteitscontrole (vb. concentratie van de belangrijkste anionen en katione ter controle van de ionenbalans) te bepalen.

Dit protocol wordt pas doorlopen als de steekproefeenheid recent (minder dan 1,5 jaar voor de installatie) als geschikt werd beoordeeld volgens de locatie-evaluatie (zie protocol [spp-002-nl 2025.03](https://inbo.github.io/protocols/2025.03/index.html) voor terrestrische types).
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Link not pointing to correct protocol

- 07_referenties.Rmd
- 08_appendices.Rmd
- 09_subprotocols.Rmd
output_dir: ../../../../../../protocoldocs/protocoldocs/docs/spp/mnm/spp_003_nl_peilbuisinst-mnm03.3
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

remove redundancy from path and set to recommended location

Suggested change
output_dir: ../../../../../../protocoldocs/protocoldocs/docs/spp/mnm/spp_003_nl_peilbuisinst-mnm03.3
output_dir: ../../../../../protocoldocs/docs/spp/mnm/spp_003_nl_peilbuisinst-mnm03.3

## Doelstelling en toepassingsgebied

Dit protocol beschrijft het manueel plaatsen van een koppel ondiepe peilbuis en ondiepe piëzometer met automatische druksensor in een geschikte terrestrische en aquatische steekproefeenheid van het meetnet eutrofiëring via het grondwater (meetnet GW_03.3).
De installatie dient om de stikstoftoestand van het ondiepe freatische grondwater binnen grondwaterafhankelijke habitattypes op te volgen (met behulp va nitraat- en ammoniumconcentratie in het grondwater), maar ook om de verklarende variabelen (vb. stijghoogte, pH, geleidend vermogen) en variabelen voor kwaliteitscontrole (vb. concentratie van de belangrijkste anionen en katione ter controle van de ionenbalans) te bepalen.
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Fix typo

Suggested change
De installatie dient om de stikstoftoestand van het ondiepe freatische grondwater binnen grondwaterafhankelijke habitattypes op te volgen (met behulp va nitraat- en ammoniumconcentratie in het grondwater), maar ook om de verklarende variabelen (vb. stijghoogte, pH, geleidend vermogen) en variabelen voor kwaliteitscontrole (vb. concentratie van de belangrijkste anionen en katione ter controle van de ionenbalans) te bepalen.
De installatie dient om de stikstoftoestand van het ondiepe freatische grondwater binnen grondwaterafhankelijke habitattypes op te volgen (met behulp van nitraat- en ammoniumconcentratie in het grondwater), maar ook om de verklarende variabelen (vb. stijghoogte, pH, geleidend vermogen) en variabelen voor kwaliteitscontrole (vb. concentratie van de belangrijkste anionen en katione ter controle van de ionenbalans) te bepalen.


- kniptang

- aangepaste kledij (vb. (lies)laarzen) en persoonlijke beschermingsmiddelen (vb.tekenwerende broek en hemd, zonnecrème, pet)
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Fix typo

Suggested change
- aangepaste kledij (vb. (lies)laarzen) en persoonlijke beschermingsmiddelen (vb.tekenwerende broek en hemd, zonnecrème, pet)
- aangepaste kledij (vb. (lies)laarzen) en persoonlijke beschermingsmiddelen (vb. tekenwerende broek en hemd, zonnecrème, pet)

```

De steekproefeenheden waar een peilbuis-piëzometerkoppel dient te worden geïnstalleerd, worden aangeleverd na de locatie-evaluatie en worden beschikbaar gesteld via een beveiligde server of andere route.
Via een GIS-applicatie (vb. QGIS en QField) worden ze gevisualiseerd aangeboden voor de communicatie van gegevens voor de organisatie op terrein (*outbound*) en de op terrein verzamelde gegegevens (*inbound*).
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Fix typo

Suggested change
Via een GIS-applicatie (vb. QGIS en QField) worden ze gevisualiseerd aangeboden voor de communicatie van gegevens voor de organisatie op terrein (*outbound*) en de op terrein verzamelde gegegevens (*inbound*).
Via een GIS-applicatie (vb. QGIS en QField) worden ze gevisualiseerd aangeboden voor de communicatie van gegevens voor de organisatie op terrein (*outbound*) en de op terrein verzamelde gegevens (*inbound*).

Plaats de druksensor aan de draad in de piëzometer.
Plaats het peilbuisslot in de opening van de buis en draai de vijs op het slot vast.

## Geografisch inmeten van peilbuis en piëzometer
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Suggestion to restructure:

  • "geografisch inmeten via RTK-GPS ontvanger, protocol SVP-014"
  • "indien niet beschikbaar, dien je dit binnen de 3 maanden in te halen"


In het geval van aquatische types (lentisch en lotisch), plaats je ook een peilschaal.
De verklarende variabele voor stikstoftoestand in het grondwater is hier namelijk het verschil tussen grondwaterpeil en oppervlaktewaterpeil.
Volg hiervoor [protocol SVP-119](https://drive.google.com/file/d/129ch-zbjzQi3BkX0wRm0KSrM6fvwlwH8/view).
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Should this protocol be mentioned in section "Afhankelijkheden"?

Volg de stappen in de GIS-applicatie om er zeker van te zijn dat alle nodige informatie digitaal genoteerd wordt.
Wanneer je tablet of laptop verbonden is met het internet, worden de in de applicatie ingegeven waarden onmiddellijk doorgestuurd naar de server.
Heeft je tablet of smartphone tijdelijk geen internetconnectie, controleer dan zeker bij het afronden van je veldwerk (vb. wanneer je in de wagen stapt voor je wegrijdt) dat de informatie is doorgestuurd naar de server.
Controleer voor je op terrein vertrekt steeds of je alle relevante protocollen, veldsleutels en benodigdheden mee hebt.
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Suggestion to reword (keep more general to avoid confusion, e.g. veldsleutels have not been mentioned, at least not in this protocol); something along the lines:
"Controleer of je alle vermelde benodigheden (sectie X) mee hebt (vb. subprotocollen, materiaal, ...)."

- Nauwkeurigheid: het vastleggen van veldwaarnemingen vereisen een grote mate van nauwkeurigheid;
- Goed vermogen om te plannen en te organiseren: bij de implementatie van meetnetten moeten tal van veld- en desktopactiviteiten gepland, georganiseerd en op elkaar afgestemd worden, en dit zowel ruimtelijk als in tijd. De veldmedewerker moet in staat zijn om hier zelfstandig of in overleg met de meetnetverantwoordelijke of projectcoördinator uitvoering aan te geven.
- Zelfstandigheid: de staalnemer moet in staat zijn om het veldwerk zelfstandig uit te voeren. Uiteraard is het steeds mogelijk om inhoudelijke of praktische bijstand te vragen aan collega’s binnen en buiten het projectteam.
- Goed vermogen tot samenwerken en communiceren
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Fix punctuation (but unsure about the principle applied here):

Suggested change
- Goed vermogen tot samenwerken en communiceren
- Goed vermogen tot samenwerken en communiceren;

@@ -0,0 +1,62 @@
# Onderwerp

## Definities en afkortingen
Copy link
Copy Markdown

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Which criteria are used to decide whether terms are defined in this section or not?
Also, I wonder whether some terms might be useful to add (e.g., "doeltype")?

Copy link
Copy Markdown

@janneadolf janneadolf left a comment

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Here my review of the current protocol version.
I hope my feedback proves useful, feel free to ignore it in case it is not.
Let me know if any of my comments are unclear, require further discussion, or if I misunderstood important parts of the protocol.

Update: I tried submitting the review as an 'approval' to facilitate later merging of this pull request, but received an error message, which I think was Unexpected token '<', "<!DOCTYPE "... is not valid JSON.
Submitting the review as 'comment' (still requiring later approval) worked without throwing an error.

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment

Labels

None yet

Projects

None yet

Development

Successfully merging this pull request may close these issues.

9 participants